大家好，歡迎觀看《時空日報》第9期。本期追蹤到時空/單細胞組學相關研究文章共計7篇。以下是應用華大時空StereoCopilot生成的文章概要，并輔以人工審核，供了解參考。

1、兒童白血病中與持續(xù)存在的CD19 CAR-T細胞相關的轉錄特征

Transcriptional signatures associated with persisting CD19 CAR-T cells in children with leukemia

(資料圖)

Nature Medicine; IF: ; DOI: /s41591-023-02415-3

內容概要：通過高通量單細胞基因表達和T細胞受體測序，系統(tǒng)分析10例復發(fā)難治性兒童急性B淋巴細胞白血?。╮elapsed and refractory childhood pre-B cell acute lymphoblastic leukemia，R/R B-ALL）患者接受CD19 CAR-T細胞治療后5年內的血液和骨髓樣本，發(fā)現(xiàn)長壽命CAR-T細胞具有CD4/CD8雙陰性表型和疲勞樣記憶狀態(tài)，并具有獨特的轉錄特征。這種持久性特征在所有長期治療反應良好的兒童中占主導地位，并在兩名慢性淋巴細胞白血病成年患者中檢測到。這些發(fā)現(xiàn)提出了一種可能性，即臨床有效的、持久的CD19 CAR-T細胞存在通用的轉錄特征。

2、P53調節(jié)左心室壓力超負荷時成纖維細胞增殖和纖維化的程度

P53 regulates the extent of fibroblast proliferation and fibrosis in left ventricle pressure overload

Circulation Research; IF: ; DOI: .320324

內容概要：使用轉錄因子Tcf21MerCreMer小鼠系進行成纖維細胞特異性譜系追蹤和腫瘤蛋白p53（p53）心臟成纖維細胞敲除，結合組織生理學、scRNA-seq和體外研究，揭示了一種調節(jié)心臟成纖維細胞積累和細胞外基質分泌的機制，該機制部分是由p53依賴性細胞周期控制來調控左心室壓力超負荷時纖維化的時間和程度。

3、營養(yǎng)不良肌肉的細胞和分子空間圖譜

A cellular and molecular spatial atlas of dystrophic muscle

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America; IF: ; DOI:

內容概要：使用嚴重營養(yǎng)不良的D2-mdx小鼠模型，通過整合空間轉錄組和scRNA-seq數(shù)據(jù)集，生成了營養(yǎng)不良肌肉的高分辨率細胞和分子空間圖譜，為研究杜氏肌肉營養(yǎng)不良癥（Duchenne muscular dystrophy，DMD）生物學和治療靶點發(fā)現(xiàn)提供了寶貴的資源。

4、定義驅動黑色素瘤轉移的轉錄程序的增強子網(wǎng)絡的體外定位

Ex vivo?mapping of enhancer networks that define the transcriptional program driving melanoma metastasis

Molecular Oncology; IF: ; DOI: /

內容概要：通過對39名黑色素瘤患者進行全基因組分析，發(fā)現(xiàn)活性增強子（activity of enhancers，ENHs）的分布在疾病的不同階段具有高度異質性。通過比較原發(fā)性黑色素瘤和轉移性黑色素瘤病變的特征，重建了與黑色素瘤轉移進展相關的超級ENHs和協(xié)同ENHs的圖譜，并表明這些調控元件具有專業(yè)化和非冗余的功能，且存在著一種分層組織，其中超級ENHs是整個轉錄程序的主導者，而經(jīng)典ENHs是執(zhí)行者。

5、從預測、預防和個性化醫(yī)學角度全面分析顱內動脈瘤的線粒體功能障礙和細胞壞死性凋亡

Comprehensive analysis of mitochondrial dysfunction and necroptosis in intracranial aneurysms from the perspective of predictive, preventative, and personalized? medicine

Apoptosis;? IF: ; DOI: /s10495-023-01865-x

內容概要：從Gene Expression Omnibus（GEO）數(shù)據(jù)庫中收集75個顱內動脈瘤（intracranial aneurysms，IAs）和37個對照樣本的轉錄譜，并采用差異表達基因、加權基因共表達網(wǎng)絡分析、最小絕對收縮和選擇算子回歸等方法篩選關鍵基因，結合機器學習和scRNA-seq，發(fā)現(xiàn)線粒體功能障礙和細胞壞死性凋亡在IAs形成中起重要作用，且在IA病變區(qū)的單核/巨噬細胞和血管平滑肌細胞中表達上調。線粒體誘導的壞死性凋亡可能是IA診斷、預防和治療的新潛在靶點。

6、細胞外囊泡相關相關結核亞群和免疫細胞譜的分類和表征

Classification and characterisation of extracellular vesicles-related tuberculosis subgroups and immune cell profiles

Journal of Cellular and Molecular Medicine; IF: ; DOI:

內容概要：通過分析結核?。╰uberculosis，TB）相關的細胞外囊泡（extracellular vesicles，EVs）的表達譜，結合機器學習和scRNA-seq，鑒定出20個差異表達基因，確定了9個EVs相關基因特征和2個EVs相關細胞亞群，并證實這些基因可作為新的生物標志物，用于區(qū)分TB和健康對照組。此外，通過CMap數(shù)據(jù)庫預測了5種潛在的TB藥物。

7、整合scRNA-seq分析揭示用于評估胃癌預后和藥物敏感性的間充質干細胞相關特征

Integrated single-cell RNA sequencing analysis reveals a mesenchymal stem cell-associated signature for estimating prognosis and drug sensitivity in gastric cancer

Journal of Cancer Research and Clinical Oncology; IF: ; DOI: /s00432-023-05058-6

內容概要：通過分析胃癌（gastric cancer，GC）的scRNA-seq數(shù)據(jù)，鑒定出了與間充質干細胞相關的標志基因，并構建了一個包含7個基因的間充質干細胞預后標志物。該標志物可用于預測GC患者的預后，并反映抗腫瘤治療的療效。

《時空日報》是華大時空基于時空云平臺STOmics Cloud的StereoCopilot功能板塊，推出的聚焦于時空組學領域學術前沿的欄目。該欄目以實時、精準追蹤時空組學前沿為目標，共享最新時空知識，助力生命科學和臨床醫(yī)學發(fā)展。

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